Το πρώτο εμπόδιο για τους «πράσινους» στη φάση των «16» είναι η Ρεάλ Μπέτις, με τις πρώτες αναμετρήσεις να διεξάγονται στις 12 Μαρτίου και τις ρεβάνς στις 19 Μαρτίου.
Στα υπόλοιπα ζευγάρια της φάσης των «16» θα αναμετρηθούν οι Φερεντσβάρος – Μπράγκα, Γκενκ – Φράιμπουργκ, Θέλτα – Λιόν, Στουτγκάρδη – Πόρτο, Νότιγχαμ – Μίντιλαντ, Μπολόνια – Ρόμα και Λιλ – Άστον Βίλα.
Σε περίπτωση πρόκρισης (κάτι που φυσικά είναι πολύ δύσκολο κόντρα στην πολύ ποιητική Μπέτις), ο Παναθηναϊκός θα αντιμετωπίσει στα προημιτελικά τον νικητή του ζευγαριού Φερεντσβάρος – Μπράγκα, με τη διασταύρωση να σχηματίζει το πρώτο «μπλοκ» της κλήρωσης. Στην ίδια πλευρά του ταμπλό βρίσκονται και τα ζευγάρια Γκενκ – Φράιμπουργκ και Θέλτα – Λιόν, γεγονός που καθορίζει και τις πιθανές διαδρομές μέχρι τα ημιτελικά.
Εφόσον φτάσει στην τετράδα, ο Παναθηναϊκός θα βρει απέναντί του τον νικητή από το γκρουπ των Γκενκ, Φράιμπουργκ, Θέλτα ή Λιόν, σε μια διασταύρωση που θα κρίνει το εισιτήριο για τον μεγάλο τελικό.
Στην απέναντι πλευρά του ταμπλό βρίσκονται τα ζευγάρια Στουτγκάρδη – Πόρτο, Νότιγχαμ – Μίντιλαντ, Μπολόνια – Ρόμα και Λιλ – Άστον Βίλα, με τις ομάδες αυτές να διεκδικούν το άλλο εισιτήριο για την Κωνσταντινούπολη.
Ο τελικός έχει οριστεί για τις 20 Μαΐου στο γήπεδο της Μπεσίκτας, με τον Παναθηναϊκό να γνωρίζει πλέον κάθε πιθανό αντίπαλο στη διαδρομή του και να καλείται να κάνει υπερβάσεις αν θέλει να βρεθεί στο μεγάλο ραντεβού της διοργάνωσης.
