Η δουλεία που γίνεται στα τμήματα υποδομής του Παναθηναϊκού Ηρακλείου είναι εξαιρετική, από την οποία επωφελείται συνολικά το ποδόσφαιρου του Ηρακλείου.
Οι άνθρωποι του ΠΟΗ έχουν επενδύσει πολλά στις ακαδημίες του και τα αποτελέσματα τους δικαιώνουν, τόσο στα τμήματα των αγοριών όσο και εκείνα των κοριτσιών.
Συγκεκριμένα δύο κορίτσια από το τμήμα 2012 της ακαδημίας του Παναθηναϊκού, η Πεδιαδιτάκη και η Καρνομουράκη, έχουν επιλεγεί για την Μικτή Κ15 Γυναικών της ΕΠΣΗ, με πολύ καλή παρουσία στους αγώνες και αποκορύφωμα να σκοράρουν αμφότερες στα δύο πρώτα παιχνίδια με τα χρώματα του Ηρακλείου.
Μάλιστα στο αντρικό τμήμα 2010, στο οποίο και εκεί είναι προπονητής ο Πάνος Λαδουκακης, υπάρχουν πέντε παιδιά που συμμετέχουν στην Μικτή Κ14 του Ηρακλείου και συγκεκριμένα οι Αγαπάκης, Γιακουμάης, Μπουλούκας, Σαρόγλου και Δεληγιάννης.